Kinectのようなデプスカメラでは、取得した点群に勝手に色をつけてくれますが、デプスカメラ自体には色を取得する機能はありません。
じゃあ、どうやっているかというと、同じくKinectについているカラーカメラで取得した画像を用いて点群に色づけしています。
そのためには、カラーカメラとデプスカメラそれぞれのカメラパラメータと二つのカメラの間の相対位置がわかっている必要があります。
Kinectの内部ではその辺はブラックボックスで、どのようなアルゴリズムでやっているのかわかりませんが、そういうキャリブレーションに関する研究はいくつかされています。
ここでは、その中の一つ
Raposo, C., Barreto, J. P., & Nunes, U. Fast and accurate calibration of a kinect sensor. Proceedings - 2013 International Conference on 3D Vision (3DV), 2013
についての日本語解説を書いたので公開します。
http://visitlab.jp/pdf/FastAccurateCalibrationKinect.pdf
この研究は
Daniel Herrera, C., Kannala, J., & Heikkil, J. Joint depth and color camera calibration with distortion correction. IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 34(10), 2012
をよりシンプルで速くしたもので、以下から論文とMatlabコードを入手できます。
http://arthronav.isr.uc.pt/~carolina/kinectcalib/
ユーザ側の手順としてはカラーカメラのキャリブレーションで用いられるZhangの手法と同じように、チェッカーパターンを張り付けたボードを何パターンか撮影するだけで、カラーカメラとデプスカメラの内部パラメータと外部パラメータを同時にキャリブレーションできます。
一応、デプスカメラの内部モデルを変えればKinect v1以外の形式（ToF等）に使えるとHerreraらの論文には書いてますが、どうすれば良いかは良くわかりません。
というわけで、ご参考までに。
